Connexxion is in 1999 ontstaan na een fusie van meerdere openbaarvervoerbedrijven. De aandelen van het bedrijf zijn (voor het grootste deel) in handen van het Franse Transdev.
Op 10 december 2006 neemt Connexxion de exploitatie van de treindienst op  Kippenlijn tussen Amersfoort en Ede-Wageningen over van NS. De duur van de concessie was tot 10 december 2006 en is met vijf jaar verlengd tot 11 december 2021. Toen in 2020 de inschrijving voor de nieuwe concessie sloot, was er geen vervoerder die zich had ingeschreven door de onzekere periode rond Covid-19. Van 12 december 2021 tot 9 december 2023 loopt een noodconcessie waarmee Connexxion nog een paar jaar op de Valleilijn te vinden is. Bij de nieuwe concessie is de bedoeling dat het huidige materieel overgenomen wordt. Het merk Valleilijn gaat dan plaatsmaken voor RRReis.
Tussen Arnhem Centraal en Doetinchem is Connexxion sinds 10 december 2012 actief met haar dochteronderneming Hermes onder de merknaam Breng.

Huidig materieel
GTW Breng
Voormalig materieel
Protos
GTW Valleilijn
FLIRT 3 Valleilijn